La Fototeca conserva un consistente patrimonio di fondi fotografici, frutto di campagne promosse sul territorio dalla direzione degli stessi Musei già dai primi anni del Novecento e incrementato nel tempo da archivi fotografici donati o acquistati sia singolarmente sia perché legati a collezioni più specificatamente museali.

A questo nucleo si affiancano gli archivi delle agenzie fotografiche: Giornalfoto, De Rota, Omnia di Ugo Borsatti e il Fondo USIS, donato a più riprese dalla Sala di pubblica lettura organizzata nell’immediato dopoguerra dal Governo militare alleato.

L’archivio Giornalfoto fu acquistato nel 1994 dal Comune di Trieste, con il contributo della Regione Friuli Venezia Giulia, gli archivi De Rota e Omnia sono di proprietà della FondazioneCRTrieste, in deposito per la valorizzazione e la consultazione.